Все многочисленные лечебные учреждения Берлина можно разделить на несколько групп исходя из их принадлежности к различным формам собственности.
Наиболее крупные и мощные медицинские организации находятся в государственном секторе, список которых возглавляет университетский медицинский комплекс Шарите - один из признанных лидеров европейской медицины.
Другим основным составляющим государственной медицины Берлина является государственный медицинский концерн Vivantes. После его образования в 2001г он стал самым большим коммунальным лечебным объединением в Германии и обслуживает около трети всех пациентов, поступающих на лечение в медицинские учреждения Берлина. В его состав входят различные организации медицинского профиля, как стационарные (9 больниц с более чем 100 клиниками), так и многочисленные амбулаторные и реабилитационные учреждения.
К столичным медицинским учреждениям принадлежащим государству относятся некоторые другие больницы: например, больница Бундесвера, больница неотложной помощи в Бисдорфе или известный далеко за пределами Германии Немецкий кардиологический центр в Берлине.
К числу частных клиник Берлина принадлежат многочисленные медицинские учреждения различного профиля. В столице расположены две клиники частной медицинской группы Helios Kliniken. Сеть лечебных учреждений Helios Kliniken GmbH является одной из самых больших в Европе, имеет оборот более 3,4 мрд евро в год и входит в состав концерна Фрезениус. Также в Берлине расположены две клиники частной группы Sana Kliniken AG, которой принадлежат около 50 больниц по всей Германии.
Важным и многочисленным сектором столичной немецкой медицины являются медицинские организации различной конфессиональной принадлежности: католические, евангелические и другие. Многие из них имеют не только богатую историю и традиции, но и поддерживают тесные связи с научными центрами и являются клинической базой для университетской медицины. К таким клиникам ,например, относятся: католическая больница Св. Эдвиги, евангелическая больница королевы Элизабет в Херцберге, евангелическая пульмонологическая клиника Берлина (die Evangelische Lungenklinik Berlin) и другие.
По результатам комплексной оценки экспертов лучшими клиниками Берлина в 2013 году признаны: Университетская клиника Шарите, Больница Св. Йозефа в Берлин-Вайсензее, Больницы в Нойкёльне и Ам Урбан концерна Вивантес, а также Немецкий кардиологический центр.